目前已擁有魚類標本 1700 余種，其中模式標本 50 余種，館藏標本 20000 余瓶，錄制標本（包括骨骼標本） 200 余件；整個展館由珍品區、河口區、近海區、遠洋區、深溝區、魚骨貝殼區和漁船漁具模型館七個部分組成。
珍品區主要展示了國家一類、二類重點保護魚類和模式標本。在國家重點保護動物名錄中，一類、二類保護魚類共計 16 種，我所海洋生物科普館收藏陳列了 12 種。東海水產研究所創建以來，魚類研究人員先后研究、鑒定、確認并公諸于世的新種共計 50 余種，館內陳列了其中的 33 種模式標本（例如褐毛鲿就是由 朱元鼎 先生命名的）。珍品區還展示了白鰭豚骨架和小須鯨骨架，這都是我所館藏中的珍品。
河口區主要展示了長江流域和近海地區。由我們熟悉的具有中國特色的“ 四大家魚 ”，還有我國一級保護動物“ 中華鱘 ”、“ 白鱘 ”，甚至還有被世界自然基金會瀕危滅絕的物種列為第二位的波紋唇魚。這個展區能夠生動地展示中國長江流域特有的魚類物種。
近海區主要展示了南海、東海和黃海的魚類物種，展品種類繁多，按照種群劃分，有鯊、鰩、魨、鰻等數十種，這個展區展現了我所參加全國近海普查的成果，對研究我國近海海洋生物提供了實物參考。學術價值極高。
遠洋區主要展示了深海漁場綜合調查和南極科考留下的珍貴標本，展品有金槍魚、小海豹、南極磷蝦等珍貴標本，其中小海豹是錄制標本實屬難得，南極磷蝦標本也是我國現今保存較完整的標本。
深溝區魚類指的是棲息于大陸架以下，能長期適應黑暗，高壓和低溫等環境條件生活的一個類群。它們的體色、眼、口器、皮膚、骨骼和肌肉結構與淺海魚類明顯不同，尤其體表上普遍還具備這能發光的特殊器官。根據東海深海區系的劃分，分布水深 150 米 以下的魚類計 306 種，主要有光尾鯊、角鯊、平頭魚、鉆光魚、燈籠魚、長尾鱈、蛇鯖等。
魚骨貝殼區主要展示了魚類骨架、貝殼和甲殼類動物，在早期魚類分類學里，魚的骨架是分類的主要依據，人們通過特殊工藝，把魚肉和骨頭分離，然后做成干標，每一個都是完好無損，可以看出標本制作工匠的精湛工藝，極具藝術價值。
漁船漁具模型館主要展示我國常用漁具和漁船發展及作業方式。我國漁具共分十二類，刺網、圍網、拖網、地拉網、張網、敷網、抄網、掩罩、陷阱、釣具、耙刺、籠壺，為了能更好地反映我國主要漁具、漁法的特色和概況，本館共展出五十余種漁具、漁船等具有代表性的模型。
